一经来自海洋的神秘仇人“塞壬”向人类提倡了猛烈的进攻“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与仇人勇猛作战最终击败了敌手守护了人类然而随着时间的流逝碧蓝航线内部因为理念的差别逐渐爆发剖析衍生出了名为“红色中轴”大的对立阵营 　　被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但要害时刻意外的中用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音）个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音）面对动荡的时局当这些少女们再一次被推上战场会爆发怎样的故事呢